Numerose sono le opere d’arte presenti nell’Abbazia di San Michele databili tra il XVI e XIX secolo. Varcando la soglia dell’ingresso principale si può ammirare il prezioso soffitto a cassettoni in legno dorato in oro zecchino, realizzato nel XVII secolo, al cui centro è collocato il dipinto datato 1699 “San Michele che sconfigge gli angeli ribelli” del pittore romano Luigi Garzi.

Percorrendo la navata centrale, giunti all’altare maggiore, si scorge l’antico coro ligneo del XVII secolo sormontato da quattro dipinti di scuola napoletana datati 1690 del pittore Nicola Russo, allievo del più famoso Luca Giordano. Di particolare rilievo è la tela che raffigura l’apparizione e il miracolo di “San Michele Arcangelo che protegge l’isola di Procida” da un incursione saracena, poiché ci fornisce un immagine dell’isola a quei tempi. Al centro del coro, fra i quattro dipinti, è collocata una statua in legno che raffigura San Michele Arcangelo datata 1606.
Ai lati del transetto vi sono due grandi cappelle: a sinistra quella del Santissimo Sacramento, a destra quella dello Spirito Santo.

La navata sinistra è caratterizzata da tre cappelle ottocentesche. La cappella della Madonna del Carmine dove troneggia una pregiata statua lignea della Madonna con decorazioni in oro zecchino. La cappella intitolata a San Michele Arcangelo che ospita la preziosa statua del Santo patrono realizzata in argento e oro nel 1727 dai maestri argentieri napoletani Nicola e Gaetano Avellino, su disegno dell’artista Antonio Domenico Vaccaro. La cappella di Lourdes, suggestiva ricostruzione della grotta di Lourdes testimonianza del fervente culto mariano degli isolani. Sul lato opposto alle tre cappelle ottocentesche, nella navata di destra, vi sono tre altarini gentilizi un tempo appartenenti alle famiglie nobili dell’isola le quali celebravano in forma privata le funzioni religiose e qui avevano il diritto di sepoltura.